1900年决议合并三书院,以宮巷书院為基础,在苏州天赐庄博习书院旧址,扩建为大学。1900年12月制定校董会章程,推林乐知(Young J. Allen)先生(万国公报创办人)为董事长、孙乐文先生(David L. Anderson)为校長。二十世纪初中国第一所民办大学东吴大学正式诞生。
东吴大学创办初期之二十六年,历经三位美籍校长孙乐文(David L. Anderson)、葛賚恩(John W. Cline)及文乃史(W. B. Nance)。这个时期的办学经費主要來自于捐款及学費。校园內的教学大楼林堂、孙堂及葛堂及教职学生宿舍等设施陆续兴建完成,校园规模日趋完整。学科发展包括文、理、医学、神学及法科(在上海崑山路),另有四所附中、二十所附小、惠寒小学、吴语学校等组成完整的东吴教育体系。各学科除在学术研究上表现突出,更为社会培养无数专业人才。学校以「Unto a Full-grown Man」为校训强调学生人格的陶冶。